La majorité des études consacrées à la cathédrale Saint Jean Marc de Jbeil laisse supposer que la construction de l’église débuta en l’an 1115, quant au baptistère, il pourrait remonter à la fin du XII ou au début du XIII siècle. La partie de l’édifice servant actuellement de sacristie est vraisemblablement plus récente (fin XVIIIe siècle).

La cathédrale située au centre de la ville des Croisés est de style roman reflètant une influence architecturale locale et Byzantine.
Une coutume ancienne, non vérifiée, voudrait que ce soit Saint Jean Marc l’Evangéliste qui fonda la première communauté chrétienne à Jbeil, une église y fut construite portant le nom du fondateur de cette communauté. La cathédrale actuelle serait construite sur les ruines de l’ancienne église.

La cathédrale fut restaurée après sa destruction partielle suite à un tremblement de terre en 1170, puis à diverses reprises après les invasions successives des Croisés et des Mamlouks durant les XIIe et XIIIe siècle.

La période Mamlouks demeure une période obscure concernant l’église. Ce n’est qu’au XVIIe siècle, durant la période ottomane, qu’un voyageur constate qu’elle était transformée en “ étable et en cuisine publique “.

En 1764, l’église fut remise par l’émir Youssef CHEHAB aux Moines de l”Ordre Libanais Maronite qui l’ont restaurée, dédiée à Saint Jean Marc et continuent à la servir. Une inscription karchounie placée au-dessus du portail nord révèle la date de la fin des travaux de restauration en 1776.

Depuis cette date et jusqu’à nos jours, l’église est servie par les moines libanais. Elle serait au Liban la seule église franque de quelque importance qui soit encore affectée au culte.

L’église a du être de nouveau restaurée après son bombardement par la flotte anglaise en 1840, et en 1857 la cloche de l’église put être remise à sa place suite à la levée par le sultan ottoman d’une ancienne interdiction.

Le clocher actuel date du début du XXe siècle, les autels de marbre, la balustrade séparant le choeur de la nef, la chaire à précher – tous enlevés ou remplacés durant les années soixantes – ainsi que les plâtres et peintures des murs et du plafond – enlevés en 1945 – dataient de cette m‏ême période.

Le toit en terre fut refait en béton en 1938, et au début des années soixante-dix la direction générale des antiquités a entrepris des fouilles autour de l’église ayant révélé des mosaïques de différentes installations Byzantines. Les nouvelles dalles, les portails en bois, les fenêtres, les vitraux et l’aménagement extérieur de l’église datent de la même période. La cloture en fer forgé entourant l’église date de 1989, et le nouveau tabernacle date de 1990.